Rapports finaux

Le RCPAQAP Biosecurity publie un rapport final pour les programmes (par exemple, le programme d'exercices simulés) qui n'ont pas encore migré vers la nouvelle plateforme logicielle. Ceux-ci contiennent les résultats de toutes les enquêtes du module, une évaluation des résultats et un matériel pédagogique complet.

Rapports d'enquête

Ce rapport suit une structure standard adoptée par d’autres programmes du RCPAQAP et remplace les rapports préliminaires et finaux précédents.

La structure du rapport d'enquête fournit aux participants individuels un résumé de leurs performances, un examen des performances individuelles, une discussion des résultats de l'enquête avec des commentaires pour tous les échantillons et une performance cumulative. Tous les rapports de biosécurité suivent généralement la même structure :

1. Résumé des performances – Le résumé de performance fournit un aperçu de la participation et de l’évaluation au programme.

1. Résumé des performances des programmes types – Cela comprend les programmes d'échantillons bactériens, environnementaux et viraux. Cette section présente un tableau pour l'évaluation des performances qui comprend « votre résultat », le « résultat attendu » et « l'évaluation » pour chaque échantillon. Il comprend également les résultats globaux des participants, avec une indication des échantillons qui nécessitent un examen si un résultat ne correspond pas au résultat cible.
   Un exemple de ce rapport publié dans le cadre du programme Spécimen viral peut être vu ci-dessous.

   Résumé des performances

   Évaluation des performances
   	Exemple : BS-VSM-23-04
   Test	Votre résultat	Résultat attendu	Évaluation
   Interprétation finale du virus Ebola	Négatif	Négatif	Concordant
   Interprétation finale du virus de Marburg	Négatif	Négatif	Concordant
   Interprétation finale du Lassavirus	Positif	Positif	Concordant
   Interprétation finale du virus de la fièvre de la vallée du Rift	Négatif	Négatif	Concordant
   Interprétation finale du virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo	Négatif	Négatif	Concordant
   	Exemple : BS-VSM-23-05
   Test	Votre résultat	Résultat attendu	Évaluation
   Interprétation finale du virus Ebola	Négatif	Négatif	Concordant
   Interprétation finale du virus de Marburg	Négatif	Négatif	Concordant
   Interprétation finale du Lassavirus	Négatif	Négatif	Concordant
   Interprétation finale du virus de la fièvre de la vallée du Rift	Positif	Positif	Concordant
   Interprétation finale du virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo	Négatif	Négatif	Concordant
   	Exemple : BS-VSM-23-06
   Test	Votre résultat	Résultat attendu	Évaluation
   Interprétation finale du virus Ebola	Négatif	Négatif	Concordant
   Interprétation finale du virus de Marburg	Négatif	Négatif	Concordant
   Interprétation finale du Lassavirus	Négatif	Négatif	Concordant
   Interprétation finale du virus de la fièvre de la vallée du Rift	Négatif	Négatif	Concordant
   Interprétation finale du virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo	Négatif	Négatif	Concordant

   Performance globale Tous les résultats renvoyés correspondent aux résultats attendus.

2. Résumé des performances du programme de séquençage du génome entier –En plus de ce qui est inclus dans les rapports d'enquête pour les programmes d'échantillons (voir ci-dessus), le rapport de ce programme contient des informations supplémentaires, notamment les critères d'évaluation des données de séquence soumises, l'évaluation de la qualité du séquençage et d'autres domaines pertinents pour l'organisme évalué (par exemple, l'appel de variantes). 

   Un exemple de ce rapport publié pour le programme de séquençage du génome entier peut être vu ci-dessous.

   

3. Résumé des performances du programme sur les menaces biologiques émergentes – En plus de ce qui est inclus dans les rapports d’enquête pour les programmes types (voir ci-dessus), le rapport de ce programme comporte un tableau pour le « système de méthodes utilisé par le participant » et les « résultats attendus » pour chaque échantillon.
   Un exemple de ce rapport publié dans le cadre du programme sur les menaces biologiques émergentes peut être vu ci-dessous.

   Résumé des performances

   Système de méthode utilisé par votre laboratoire
   Catégorie	Méthodes
   Kits d'extraction	Autre (kit QIAmp 96 Virus QIAcube HT)
   Systèmes de mesure pour l'extraction	Autre (Qiagen QIAcube HT)
   Kits d'amplification et de détection	PCR en temps réel en interne
   Systèmes de mesure pour l'amplification et la détection	Applied Biosystems ABI 7500
   Résultats attendus
   Échantillons	Agent pathogène cible
   BS-EBT-23-01	Virus de la variole du singe, autres orthopoxvirus
   BS-EBT-23-02	Aucun agent pathogène détecté
   BS-EBT-23-03	Dépistage HSV, HSV-1
   BS-EBT-23-04	Virus de la variole du singe, autres orthopoxvirus
   BS-EBT-23-05	Virus de la vaccine, autres orthopoxvirus
   BS-EBT-23-06	Dépistage HSV, HSV-2

4. Résumé des performances – Le résumé de performance fournit un aperçu de la participation et de l’évaluation au programme.

2. Examen des résultats – La section d’examen des résultats du rapport affiche une répartition des résultats renvoyés par les participants.

1. Examen des résultats des programmes sur les spécimens et les menaces biologiques émergentes – La section affiche des graphiques avec votre résultat qualitatif mis en évidence par un point bleu. Selon le programme, le graphique peut également comparer votre résultat qualitatif à tous les autres participants (barre grise) et à ceux utilisant la même méthode (superposition bleu foncé). Un graphique de dispersion est fourni à côté des réponses interprétatives, affichant les résultats quantitatifs (si fournis) de la valeur du seuil du cycle (Ct) pour les cibles génétiques spécifiques à l'organisme dans un échantillon. Ces résultats ne sont pas évalués mais peuvent donner une indication des performances. Le programme n'utilise pas de conception ou d'analyse statistique pour évaluer les résultats. Les résultats de chaque échantillon sont présentés sur une page distincte pour chaque cible, selon les programmes. Le rapport des programmes sur les échantillons bactériens et environnementaux comprend l'examen des résultats pour « l'échantillon direct », « la culture », « l'échantillon moléculaire » et « l'identification et la notification ». Le rapport des programmes sur les échantillons viraux et les menaces biologiques émergentes comprend les réponses pour l'interprétation finale de toutes les cibles spécifiques aux agents pathogènes, un tableau présentant une répartition de tous les tests utilisés et les résultats soumis.
2. Examen des résultats du programme de séquençage du génome entier – La section affiche des graphiques et des diagrammes de dispersion de toutes les réponses soumises au questionnaire à partir du portail myQAP, avec votre résultat mis en évidence par un point bleu. Selon le type de mesurande, le graphique peut également intégrer l'évaluation de vos résultats (par exemple, concordant, discordant, non évalué, etc.)

3. Commentaire – Chaque rapport comprend des commentaires et une analyse des résultats de l’enquête pour tous les échantillons. Il fournit également des suggestions et des recommandations pour une enquête de suivi.

4. Évaluation cumulative – Il résume les performances cumulées de l’année et des années précédentes.

Évaluation des résultats des participants

Le RCPAQAP Biosecurity propose une gamme de programmes spécialisés avec une base de participants diversifiée mais restreinte. Par conséquent, il se peut que les résultats (points de données) d'une enquête ne soient pas suffisants pour valider statistiquement les informations.

Le développement d'échantillons pour le test de biosécurité du RCPAQAP comporte un volet de recherche essentiel, et l'accès des participants à l'équipement nécessaire pour tester ces échantillons spécialisés varie considérablement. Les enquêtes de biosécurité du RCPAQAP sont souvent utilisées pour comprendre les performances de tests et d'équipements spécifiques et les inhibitions pertinentes qui pourraient potentiellement interférer avec les tests.

En général, les termes utilisés pour noter les résultats qualitatifs de l’enquête sont énumérés ci-dessous :

• Concordant – Correspond à la cible ou au résultat attendu
• Discordant – Ne correspond pas à la réponse cible
• Non évalué – Le résultat n’est pas conforme aux capacités de l’analyse ou dépasse le cadre de l’acceptation pour le classement
• Aucune participation – Le participant n’a pas pris part à l’enquête.

Les résultats discordants seront surlignés en rouge et le résultat mis en évidence comme discordant sera répertorié dans le résumé « Performance globale » au bas de la page.